Le domande se puoi detect luce emessa da un atomo (isolato) e se puoi resolve un atomo dai suoi vicini sono completamente indipendenti.
La spaziatura tra i diversi atomi in un materiale regolare rimane impossibile da risolvere utilizzando la luce visibile, la cui lunghezza d'onda è diverse migliaia di volte più grande. Puoi "vedere" i singoli atomi usando altre tecniche di microscopia (quindi guarda ad esempio questo cortometraggio per un bell'esempio), ma questi utilizzano strumentazione e post-elaborazione piuttosto elaborate e non riflettono ciò che è visibile ad occhio nudo.
L'immagine che stai citando, tuttavia, non rappresenta un atomo su molti in un materiale. Invece, è davvero un singolo atomo isolato, tenuto nel vuoto da una serie di "pinzette" elettriche chiamate trappola ionica (a sua volta prodotta dagli elettrodi metallici che circondano l'atomo, che saranno una coppia di centimetri di diametro), e che emette luce tramite fluorescenza (cioè viene eccitato da un laser e riemette quella luce). La dimensione dell'atomo come appare nell'immagine non ha nulla a che fare con la sua dimensione effettiva: per quanto riguarda la fotocamera, l'atomo è una sorgente puntiforme e la diffusione diversa da zero nell'immagine è causata dalla risoluzione finita del fotocamera.
Quindi, supponendo che l'atomo intrappolato sia abbastanza luminoso, in linea di principio potrebbe essere visto ad occhio nudo, nel qual caso assomiglierebbe molto a una stella in una notte limpida e tranquilla (che sono anche sorgenti puntiformi per quanto i nostri occhi sono preoccupati, anche se il loro aspetto viene poi cambiato da scintillio). Se le configurazioni sperimentali nell'uso effettivo siano sufficienti per produrre atomi sufficientemente luminosi da poter essere visti ad occhio nudo è una buona domanda; la mia comprensione è che questo non è del tutto possibile, ma che con uno sfondo completamente scuro non è poi così fuori portata.
Ciò significa che un essere umano non sarebbe in grado di vedere contemporaneamente sia l'atomo stesso che gli elettrodi della trappola, poiché è necessario uno sfondo completamente scuro per iniziare ad avere la possibilità di vedere l'atomo. Per quanto riguarda la fotocamera, l'autore ha chiarito in un commento che si tratta di una singola esposizione di trenta secondi, con gli elettrodi illuminati da un flash della fotocamera a metà esposizione.
Infine, per rispondere alla tua domanda espansa,
Se quel singolo atomo è trattenuto da un campo, perché gli atomi di quel campo stesso non sono visibili?
la risposta è che il campo che lo sostiene non è fatto affatto di atomi. L'atomo nell'immagine è tenuto in posizione da forze elettrostatiche, che sono le stesse forze che usi per tirare su pezzetti di carta con un palloncino che hai strofinato contro i tuoi capelli. Si dice che le forze elettrostatiche, come le forze magnetiche e la gravità, formino un campo, ma è un campo di forza che è tutto forza e non atomi. L'effetto qui è analogo alla levitazione magnetica, tranne per il fatto che utilizzi campi elettrici (quelli progettati con cura, prodotti dagli elettrodi metallici che circondano l'atomo nell'immagine) invece dei magneti.