I nuclei sono particelle quantistiche e hanno una funzione d'onda e quindi anche una densità di probabilità. Tuttavia, è difficile calcolare e visualizzare e spesso non è necessario.
Per gli elettroni, puoi ad es. guarda una densità di un elettrone di un sistema a molti elettroni o agli orbitali, che corrispondono alle migliori soluzioni possibili per approssimare il problema completo di molti elettroni con un problema di particelle indipendenti. Tuttavia, gli elettroni sono tutti uguali, il che semplifica il problema.
Al contrario, se vuoi visualizzare i nuclei di una molecola, hai difficoltà. Un esempio in cui è stato effettivamente eseguito è questo articolo. Nell'articolo, le densità di probabilità nucleare delle molecole sono ottenute approssimando la funzione d'onda nucleare come prodotto delle funzioni dell'oscillatore armonico nei modi normali e integrando su tutto tranne le coordinate di un nucleo. Vedi che l'estensione spaziale della densità di probabilità nucleare è piccola anche per stati eccitati vibrazionalmente, quindi di solito è di scarso interesse.
Un altro problema quando si vuole calcolare una densità di probabilità è come trattare l'invarianza rispetto alla traslazione e rotazione dell'intero sistema. Per gli elettroni in una molecola questo non è un problema se si presume che i nuclei siano fissi nello spazio, ma è sempre necessario un riferimento, altrimenti la densità è solo una costante.